Просмотрев статьи по обновлениям я пришёл к выводу, что нумерация обновлений 0.X.X.
не содержит никакой информации. Было принято решение изменить нумерацию следующим образом. 0.XX (где первая цифра это версия проекта, а остальные две - версия обновления). Такое решение получилось простым, а главное понятным.
А мне осталось всего лишь исправить все статьи по прошлым обновлениям на сайте, и в сообществе Вконтакте.